Mech jawajski jest ciemnozieloną, delikatną w budowie roślinkę o płożących się łodyżkach. Łodyżka jest wiotka, nawet do kilkunastu centymetrów długa, pokryta drobnymi (1-1,5 mm) listkami. Pod wodą wydaje małe, delikatne, żywo zielone listki. Silnie rozgałęzione pędy rozrastają się na wszystkie strony, jeśli usadowią się na podłożu (kamienie, korzenie) Udaje się również pływając swobodnie. Pędy sięgające wodnej powierzchni zaczynają tworzyć zarodnię z zarodnikami, które rozwijają się nad powierzchnia wody. Zarodnie osadzone są na bardzo cienkich trzonkach o długości do 3 cm. Przy sprzyjających warunkach roślina wytwarza dużą ilość ciemnobrązowych zarodników, które wielkością przypominają kaszę mannę. Zarodnik kiełkując tworzy splątek, mającej wygląd zielonej nici która często się rozgałęzia.